2020年10月，真邁生物重磅發(fā)布了自主研發(fā)的高通量基因測序平臺(tái)?GenoLab?M。GenoLab?M上市一年來，憑借其精準(zhǔn)高效、靈活開放的產(chǎn)品特點(diǎn)，已被應(yīng)用于基礎(chǔ)科研、生殖生育健康與遺傳病檢測、腫瘤檢測、病原體快速鑒定、分子育種等領(lǐng)域。
今天我們帶來了最新的GenoLab M測序試劑盒（FCM 300cycles）在人外顯子測序方向的測試對比數(shù)據(jù)。本次測試，以NovaSeq（S4）、NextSeq（High-Output）測序平臺(tái)為對比，較為全面的評估了GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）在測序質(zhì)量、目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性、數(shù)據(jù)有效率和突變檢出能力等方面的表現(xiàn)。
測試樣本：NA12878細(xì)胞系
捕獲探針：Agilent SureSelect Human All Exon V6（Panel Size：60Mb)，下文簡稱“V6”。
測序平臺(tái)：GenoLab M（FCM PE150）、NovaSeq（S4 PE150）、NextSeq（High-Output PE150）
測試實(shí)驗(yàn)：基于NA12878使用V6構(gòu)建1個(gè)外顯子測序文庫，文庫分別使用GenoLab M、NovaSeq、NextSeq測序平臺(tái)進(jìn)行測序。
數(shù)據(jù)量要求：每個(gè)樣本提取13Gb raw data用于后續(xù)分析。
1、測序質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定
GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）的測序質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定。如圖表2所示，GenoLab M 3份Raw data的 Q20均大于94%，Q30均大于86%。
圖表2?GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)V6文庫測序質(zhì)量表現(xiàn)
2、基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性好、數(shù)據(jù)有效率高
將GenoLab M、NovaSeq、NextSeq測序數(shù)據(jù)比對到參考基因組上，統(tǒng)計(jì)Fold 80堿基罰分、基因組比對率，唯一比對率、目標(biāo)區(qū)域捕獲效率、目標(biāo)區(qū)域≥1X、4X、10X、20X比例等指標(biāo)。如圖表3所示，GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）測序數(shù)據(jù)在基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性的表現(xiàn)上與NovaSeq、NextSeq一致。
圖表3?GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)V6文庫測試數(shù)據(jù)基因組比對結(jié)果統(tǒng)計(jì)
在數(shù)據(jù)冗余率方面，GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）的duplication rate比例與NextSeq相當(dāng)（～5%），明顯優(yōu)于NovaSeq（20～30%）。
圖表4 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)V6文庫測序數(shù)據(jù)duplication rate統(tǒng)計(jì)
3、變異檢出能力優(yōu)異、穩(wěn)定
本次測試采用的DNA標(biāo)準(zhǔn)品（NA12878）具有高置信的標(biāo)準(zhǔn)變異集合（HG001_GRCh37_1_22_v4.2.1_benchmark）。使用V6與該標(biāo)準(zhǔn)變異集合重合的位點(diǎn)來評估GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)測序數(shù)據(jù)的變異檢出情況。如圖表5所示，GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）測序數(shù)據(jù)在SNP和InDel檢測的精確度和靈敏度上與NovaSeq、NextSeq表現(xiàn)一致，SNP和InDel檢測的精確度分別達(dá)到了97%及82%以上，靈敏度達(dá)到了97%與91%以上。
圖表5?GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)V6文庫測序數(shù)據(jù)變異檢出情況
GenoLab M 測序試劑盒（FCM 300cycles）測序數(shù)據(jù)在平臺(tái)內(nèi)SNP和InDel檢測一致性的表現(xiàn)上與NovaSeq一致。如圖表6所示，其平臺(tái)內(nèi)SNP檢測一致性>98%，InDel一致性大于87%。與NovaSeq、NextSeq測序平臺(tái)的檢測結(jié)果對比，平臺(tái)間SNP檢測一致性>98%，InDel一致性>85%。?
圖表6?GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)V6文庫測序變異檢測一致性比較
綜合上述測試對比數(shù)據(jù)，GenoLab M測序試劑盒?（FCM 300cycles）在測序質(zhì)量、基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性、數(shù)據(jù)有效率、變異檢測能力等方面表現(xiàn)優(yōu)異且穩(wěn)定。后續(xù)我們將公開該產(chǎn)品在更多應(yīng)用方向上的對比測試數(shù)據(jù)。
如需進(jìn)一步了解該產(chǎn)品信息，請聯(lián)系：info@genemind.com。