2020年10月，真邁生物重磅發(fā)布了高通量基因測序平臺 GenoLab M，GenoLab M上市一年來，其憑借精準高效、靈活開放的產品特點，已被應用于基礎醫(yī)學研究和腫瘤基因檢測領域。

2021年11月，真邁生物公開了GenoLab M以及其配套測序試劑盒（FCM 300cycles）在生殖細胞突變檢測應用方向的測試數據（點擊查看），那么它在體細胞突變檢測上的表現如何？今天我們?yōu)榇蠹規(guī)砹嗽撈脚_詳細的測試報告。本次測試我們仍以NovaSeq（S4）和NextSeq（High-Output）為對比平臺，較為全面的評估了GenoLab M以及其配套測序試劑盒 （300 cycles）在腫瘤體細胞突變檢測應用上的綜合性能表現。

測試報告顯示真邁生物高通量測序平臺GenoLab M以及其配套測序試劑盒（300 cycles）在測序數據質量、數據有效率、突變檢出能力上表現優(yōu)異、穩(wěn)定，突變檢出結果與對比平臺一致性好。

01 測試方案介紹

測試用樣本：腫瘤FFPE樣本（Horizon Discovery HD832）

測試用Panel：商業(yè)化腫瘤大Panel（Panel size：~2Mb，涵蓋關鍵腫瘤相關通路基因500+）

測試用平臺：GenoLab M（FCM PE150）、NovaSeq（S4 PE150）、NextSeq（High-Output PE150）

測試實驗：基于HD832使用商業(yè)化腫瘤大Panel試劑盒完成1個文庫的構建工作，該文庫（下文稱為“HD832文庫”）分別在GenoLab M、NovaSeq、NextSeq測序平臺上機測試

數據量要求：25Gb raw data/樣本

圖表1 測試方案

02測試結果

測序質量表現優(yōu)異、穩(wěn)定

基于GenoLab M以及其配套測序試劑盒（FCM 300cycles）產出的3份Raw data的Q20均大于94%，Q30均大于85%，clean reads/raw reads比值平均大于0.9，測序質量表現優(yōu)異、穩(wěn)定。

圖表2 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺HD832文庫測序質量表現

基因組目標區(qū)域覆蓋均一性好、數據有效率高

將GenoLab M、NovaSeq、NextSeq的7組測試數據比對到參考基因組上，統計基因組比對率、唯一比對率、重復序列比例、目標區(qū)域捕獲效率、目標區(qū)域≥1X、10X、100X、500X比例等指標，如圖表3所示，GenoLab M 以及其配套測序試劑盒（FCM 300cycles）的測序數據在基因組目標區(qū)域覆蓋均一性的表現上與NovaSeq、NextSeq一致，且在數據有效率方面表現更優(yōu)。

圖表3 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺 HD832文庫測試數據基因組比對結果統計

變異檢出能力表現優(yōu)異

如圖表4所示，本次測試采用的腫瘤FFPE標準品（HD832）擁有高置信的突變集合，該集合共包含386個經NGS和/或ddPCR驗證的突變位點。測試使用的腫瘤大Panel試劑盒理論上可覆蓋其中212個突變位點。因此本次測試我們基于212突變位點的檢出情況來評估GenoLab M以及其配套測序試劑盒（300 cycles）的變異檢出能力。

圖表4 HD832高置信變異集合情況

25個ddPCR驗證位點檢出情況：

圖表5 25個ddPCR驗證位點檢出情況

低頻突變（AF<10%）的檢出情況：

圖表6 低頻突變位點（AF<10%）檢出情況

212個突變位點檢出情況：

圖表7 212個突變位點檢出情況

檢測結果一致性評估：

圖表8 檢測結果一致性評估

左圖：GenoLab M、NovaSeq、NextSeq 7組測試數據等位基因突變頻率檢出結果與7組數據均值的一致性評估

右圖：GenoLab M測試數據等位基因突變頻率檢出結果均值與NovaSeq&NextSeq均值的一致性評估

綜合上述測試結果，GenoLab M以及其配套測序試劑盒（300cycles）在測序數據質量、數據有效率、突變檢出能力上表現優(yōu)異、穩(wěn)定，突變檢測結果與NovaSeq、NextSeq平臺一致性好。

后續(xù)真邁生物將發(fā)布更多GenoLab M以及其配套測序試劑盒在其他應用方向上的測試對比數據，敬請期待。

03 關于GenoLab M