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真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評
時間:
2023-01-17
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近日,真邁生物基于高通量測序儀FASTASeq 300進行了人類基因組標準品HG001~HG005的全外顯子組測評。在本次測評中,FASTASeq 300展現(xiàn)了優(yōu)秀的測序數(shù)據(jù)質(zhì)量及變異檢出性能,整體表現(xiàn)與GenoLab M、NovaSeq 6000測序平臺相當。

*本文公開真邁生物及Illumina三款平臺原始測序數(shù)據(jù),可于文末獲取測序數(shù)據(jù)下載鏈接。



測試信息

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?測試樣本:人類基因組DNA標準品HG001、HG002、HG003、HG004、HG005

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?捕獲試劑盒:Agilent SureSelect Human All Exon V6

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?測序平臺:FASTASeq 300(FA)、GenoLab M(GL)、NovaSeq 6000(NV)

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?數(shù)據(jù)分析:下機數(shù)據(jù)截取相同40M PE150 reads

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?生信分析:bcbio-nextgene中的Small germline variants流程,主要參數(shù)如下圖所示

真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評



測試結(jié)果

?測序數(shù)據(jù)質(zhì)量


表1. 五種標準品不同平臺測序數(shù)據(jù)質(zhì)量(Raw data)

真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評


●?基因組比對結(jié)果


表2. 五種標準品不同平臺測序數(shù)據(jù)基因組比對結(jié)果

真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評

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真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評

圖1. 五種標準品不同平臺數(shù)據(jù)冗余率及有效測序深度對比


●?變異評價結(jié)果


真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評

圖2. 五種標準品不同平臺SNP檢出水平對比


真邁生物發(fā)布FASTASeq 300人類基因組標準品HG001-HG005 WES數(shù)據(jù)測評

圖3. 五種標準品不同平臺Indel檢出水平對比


●?測序數(shù)據(jù)獲取渠道



百度網(wǎng)盤

https://pan.baidu.com/s/1xtD479qDvuQac79LTimGOg?pwd=cpwh

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